Consanguinité et Coefficient de Consanguinité

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Definition

Un sujet est dans une situation de consanguinité si, pour un locus donné, il possède deux allèles identiques, par copie d'un seul et même gène ancètre. Le Coefficient de Consanguinité (Cc) est un prédicteur d'homozigotie par descendance, ie lié à un ancêtre commun.

Comparer des Coefficients de Consanguinité totaux entre individus n'a aucun sens, si on ne connaît pas la profondeur de pedigree sur laquelle ce dernier a été calculé.
La comparaison des Cc n'a de sens que si elle est effectuée à profondeur de pedigree égale.. Ainsi, on peut comparer des Cc sur 3, 4, 5, ... générations.

En élevage canin, il semble pertinent de considérer le Cc sur 5 ou 6 générations.

Important: la consanguinité ne se transmet pas. Le mariage de deux individus fortement consanguins mais n'ayant aucune parenté entre eux donnera un produit de consanguinité nulle.

Liens vers des informations complémentaires: Consanguinité, Base de la génétique Mendelienne. Vous trouverez sur ce site de nombreux cours de génétique..

De l'utilité de la Consanguinité

La consanguinité est utile en élevage, car elle permet de fixer des caractères au sein d'une race. D'autre part, chaque éleveur est en droit de préferer tel ou tel type, de favoriser la forme de tête, le corps, les angulations, etc. Utiliser à bon escient, la consanguinité peut l'y aider.

Le pendant de la consanguinité, c'est l'augmentation de l'homozigotie et donc la diminution de l'hétérozygotie. Or, cette dernière est essentielle d'un point de vue naturelle pour permettre la pérénité d'une espèce donnée.
Exemple : Si une maladie touche une espèce donnée, dont la consanguinité est telle que l'homozygotie est très importante, l'espèce entière peut être décimée. En revanche, si cette espèce possède un patrimoine génétique riche avec des génotypes ou phénotypes variés, une partie de la population pourra survivre parce que la maladie ne l'affectera pas.

D'autre part, en utilisant la consanguinité pour fixer un caractère connu considéré comme une qualité, cela peut avoir pour effet de favoriser l'apparition d'un caractère passé inaperçu et considéré comme un défaut (ou de favoriser l'apparition de maladies).

Le travail de sélection est un travail complexe qui nécessite de prendre en compte tout ces paramètres.

Le programme INBREED ©

INBREED © s'appuie sur le logiciel opensource d'un directeur de recherche de l'INRA, Didier Boichard (Boichard D.,2002. Pedig: a fortran package for pedigree analysis suited to large populations. 7th World Congress on Genetics Applied to Live stock Production, Montpellier, 19-23 août 2002, paper 28-13).

Il fonctionne à partir d'une base de données interne que nous avons entièrement créée et adaptée à nos besoins à partir des données déjà existantes. Il permet de consulter les coefficients de consanguinité d'un chien donné sur 2 à 20 générations. Il permet aussi de simuler un mariage pour déterminer les coefficients de consanguinité du produit.

Inbreed Inbreed ©

Le logiciel que nous utilisons se base sur la méthode VanRaden.

En passant sur l'histogramme, vous obtenez dans la bulle associée les informations suivantes :

  • Nom du chien ou du mariage
  • Coefficient de consanguinité = Inbreeding Coefficient
  • Nombre de générations sur lequel est calculé cette consanguinité
  • % de pedigree disponible dans notre base de données pour le nombre de génération G

L'utilisation de ce programme est simple. Il vous suffit de commencer à renseigner le nom du chien que vous recherchez (pas le Surnom, mais le nom officiel) pour voir apparaître une dizaine de nom. Si celui du chien recherché n'apparaît pas, complétez le nom que vous avez commencé à renseigner. Si malgré plusieurs tentatives, il n'apparaît pas, c'est qu'il n'est peut-être pas renseigné dans la base de donnée.

Nous ne disposons que d'informations restreintes. Il se peut que votre chien soit absent de notre base de données ou que nous ne disposions pas d'informations complètes sur sa généalogie.

Si vous souhaitez le voir apparaître, merci de nous contacter et de nous envoyer les informations nécessaires au calcul de sa consanguinité ainsi qu'à l'amélioration perpetuelle de la base de données (ie. au minimum : sexe, couleur (Gris de Loup ou Brun de Forêt), date de naissance, pedigree et tout autres informations que vous souhaiteriez nous fournir - N° d'identification, LOF, fratrie, tests génétiques, maladies éventuelles, etc...).

Si les informations minimum sont manquantes et que vous ne souhaitez pas nous en faire part, il est inutile de nous contacter. Nous développons cet outil dans un but non-lucratif avec un esprit de partage dans l'optique d'améliorer les connaissances sur cette race que nous aimons.

Ces calculs sont effectués en se basant sur les pedigrees officiels des chiens, que vous pouvez consultez publiquement sur notre site.

Si vous rencontrez des problèmes ou si vous avez des remarques/suggestions, n'hésitez pas à nous en faire part pour que nous puissions améliorer cet outil.